Em agosto de 1998, uma pesquisa acadêmica intitulada “Psicanálise e direito: clínica em extensão”, conduzida pela psicanalista Fernanda Otoni de Barros-Brisset na Faculdade Newton Paiva, recebeu acolhida no I Tribunal do Júri do Fórum Lafayette.
O então Juiz de Direito Dr. Antoninho Vieira Brito encaminhou para estudo 15 processos de pessoas internadas em hospitais psiquiátricos de Belo Horizonte. A pesquisa revelou profundos impasses de ordem política, clínica, social e interinstitucional no tratamento dessas pessoas, dando origem ao projeto piloto “Atendimento interdisciplinar ao paciente judiciário”, com proposições fundamentadas na Lei Estadual 11.802/1995.
Em 2 de março de 2000, o projeto ganhou seu primeiro espaço físico no Fórum Lafayette. Com quatro estagiários e muita determinação, nascia o PAI-PJ. Em 2001, o TJMG transformou o projeto piloto em Programa permanente, por meio da Portaria Conjunta nº 25. A equipe interdisciplinar, composta por Psicólogos, Assistentes Sociais e Bacharéis em Direito, assumiu a função de auxiliar os(as) juízes e juízas criminais no acompanhamento de pacientes judiciários. Naquele mesmo ano, foi promulgada a Lei nº 10.216/2001, marco fundamental da reforma psiquiátrica brasileira.
Em 2010, por meio da Resolução 633, o PAI-PJ foi ampliado em três aspectos: estendeu-se ao interior de Minas Gerais; incluiu adolescentes autores de atos infracionais, e estabeleceu o acompanhamento dos casos, desde a entrada no Sistema de Justiça até o fim do processo criminal, independentemente da sentença aplicada.
Em 2020, a Resolução 944 reestruturou a governança do PAI-PJ, conferindo-lhe coordenação própria mediante a criação de um Núcleo Coordenador; inovando ao prever o ingresso de casos por “demanda espontânea” e priorizando a estruturação dos Núcleos Regionais com servidores e servidoras efetivos(as) do TJMG. A Resolução também estendeu a atuação do Programa à Segunda Instância.
Em 2023, a publicação da Resolução CNJ 487/2023, que instituiu a Política Antimanicomial no âmbito do Poder Judiciário, representou o reconhecimento definitivo, em escala nacional, das boas práticas desenvolvidas pelo PAI-PJ ao longo de sua trajetória. Em 2025, o PAI-PJ completou 25 anos de atuação na Comarca de Belo Horizonte, celebrando seu Jubileu de Prata em solenidade realizada no Tribunal Pleno do TJMG.
A partir de 2023, o PAI-PJ passou a integrar o Grupo de Monitoramento e Fiscalização do Sistema Carcerário e Socioeducativo (GMF), conforme disposto na Resolução nº 1.066/2023.