O controle de vagas é realizado pela GEPER por meio de planilhas e registros no Sistema de Estagiários - ES. O controle dos quantitativos e das vagas é administrado por setor e por modalidade de estágio, graduação e pós-graduação.

O Sistema de Estagiários - ES verifica quantas vagas estão autorizadas para determinada unidade e não permite que o número de estagiários(as) admitidos(as) ultrapasse esse limite por modalidade.

Eventualmente, pode ocorrer um desajuste no quadro de vagas de um setor. Isso acontece, por exemplo, em razão da exclusão de uma vaga que estava ocupada, mas que, segundo os critérios objetivos vigentes, deixou de ser de direito daquela unidade.